Санкт-Петербургский государственный экономический университет (СПбГЭУ) является преемником двух старейших российских экономических вузов – Санкт-Петербургского государственного инженерно-экономического (ИНЖЭКОН, 1906 г.) и Санкт-Петербургского государственного университета экономики и финансов (ФИНЭК, 1930 г.). Также в состав Университета вошел молодой вуз – Санкт-Петербургский государственный университет сервиса и экономики (СПбГУСЭ, 1999).
В 2012 году два ведущих экономических вуза Петербурга, СПбГУЭФ и СПбГИЭУ были включены в форме слияния в единый экономический университет.
1 августа 2012 года Приказом Минобрнауки РФ был учрежден Санкт-Петербургский государственный экономический университет, 29 декабря – зарегистрирован в качестве юридического лица. В тот же день Приказом Минобрнауки РФ к новому университету в качестве структурного подразделения был присоединен Санкт-петербургский государственный университет сервиса и экономики (ГУСЭ).
Финансово-экономический университет стал базой для «Института экономики», Инженерно-экономический – для «Института управления», а Университет сервиса и экономики – для «Института сервиса».
21 мая 2013 года была утверждена организационная структура Санкт-Петербургского государственного экономического университета.