ББИ реализует образовательные программы по повышению квалификации по направлению "теология", производит переквалификацию специалистов в области академического богословия, современной библеистики, истории Церкви, христианской культуры и философии религии.
Образовательная концепция ББИ предполагает совмещение богословского и светского подходов в подготовке теологов. На наш взгляд, подобное сочетание позволяет преодолеть как субъективизм конфессиональных рамок, так и ограничения научных подходов в понимании «человека религиозного». Современное богословское образование, не теряя своей укорененности в православной традиции, отвечает на проблемы, которые ставят перед современным человеком секулярное общество, светская культура и наука.
Студенты ББИ изучают библеистику, христианскую культуру, библейские языки, богословие, философию, историю церкви и другие богословско-гуманитарные дисциплины. Одним из главных направлений в ББИ является библеистика, можно сказать, что эта дисциплина является центром учебного процесса и основывается на лучших образцах современной науки, как православной, так и других конфессий. В современной библеистике накоплен огромный потенциал для более глубокого постижения Священного Писания.
Важным направлением в ББИ является также диалог науки религии.