Карачаево-Черкесский государственный университет активно сотрудничает, обменивается опытом, результатами научных исследований с различными вузами не только Северо-Кавказского региона, но и всей России. Он связан крепкими узами дружбы, понимания, поддержки с адыгейским, армавирским, дагестанскими, кабардино-балкарскими, кубанским, липецким, ростовскими, северо-осетинскими, ингушским, ставропольскими и многими другими высшими учебными заведениями ближних и дальних регионов России. Особенностью университета являются национальные кафедры карачаевской и ногайской, черкесской и абазинской филологии, которые уже более 40 лет являются основной базой и творческой лабораторией по разработке и составлению учебно-методической литературы по языкам и литературам народов Карачаево-Черкесии. Абсолютное большинство действующих учебников, учебных пособий и программ по карачаево-балкарскому, кабардино-черкесскому, абазинскому и ногайскому языкам как для средней, так и для высшей школы составлены преподавателями этих кафедр или с их участием. К сотрудничеству часто приглашаются другие кафедры, вузы и научно-исследовательские организации республики и региона. Благодаря многолетнему труду преподавателей этих кафедр, студентов и аспирантов был собран, обработан и издан уникальный материал, связанный с этносом, устным народным творчеством, древними традициями малых народов, проживающих на территории республики. Таким образом, сохранено культурное наследие, литературные памятники многих поколений. Миссия Карачаево-Черкесского государственного университета им. У.Д. Алиева заключается в реализации образовательных и научных технологий, развитии современного непрерывного образования, подготовке конкурентоспособных специалистов новой формации, формировании единого культурного, интеллектуального и экономического пространства, основанного на межнациональном и межконфессиональном взаимопонимании, реализации естественных прав и свобод каждого человека, в превращении Карачаево-Черкесской Республики в один из самых образованных, духовно и нравственно богатых регионов России. Политика КЧГУ в области качества образования направлена на реализацию его миссии – формирование вуза как научно-образовательного центра, университета исследовательского, инновационного типа. Политика в области качества – это целенаправленная работа руководства университета по повышению качества образования. Университет считает обеспечение гарантии высокого качества образования одним из главных приоритетов в своей деятельности. Обеспечение высокого качества и постоянное совершенствование образовательного процесса в КЧГУ есть не самоцель, а необходимые инструменты профессиональной подготовки специалистов.